针对“卫生局主要检查卫生条件、食品储存、加工过程、员工健康证”这一直接回复，可依据《中华人民共和国食品安全法》的相关条款进行法律支撑：
根据《中华人民共和国食品安全法》第四条规定：“食品生产经营者对其生产经营食品的安全负责。食品生产经营者应当依照法律、法规和食品安全标准从事生产经营活动，保证食品安全，诚信自律，对社会和公众负责，接受社会监督，承担社会责任。”

该条款明确了食品生产经营者（如餐饮店）的主体责任，而卫生局的检查正是对这一责任履行情况的监督：检查卫生条件是确保经营环境符合“食品安全标准”；检查食品储存、加工过程是验证“依照法规从事生产经营活动”的落实；检查员工健康证则是保障“食品安全”的人员资质要求。综上，卫生局的检查内容完全契合该法条对食品经营者合规义务的核心要求。
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针对您提出的“卫生局主要检查什么”这一问题，核心围绕公共场所（以餐饮店为例）的卫生合规性展开，以下为具体情况的分述：
卫生局检查以餐饮店为代表的公共场所时，核心聚焦卫生条件、食品管理、人员资质三类核心内容。

1. 若检查对象为餐饮店卫生条件：会核查经营场所的清洁消毒情况（如餐具消毒记录、地面墙面卫生）、通风排水设施是否达标，以及防蝇防鼠等病媒生物防控措施是否到位。
2. 若涉及食品储存与加工：会检查食材采购索证索票（如供应商资质、检验报告）、储存温度是否符合要求（如冷藏冷冻设备温度记录），加工过程是否存在生熟交叉污染（如专用刀具、砧板的区分）。
3. 若关注员工健康管理：会逐一核对从业人员是否持有有效健康证明，以及个人卫生习惯（如操作时是否穿戴工作服、口罩，手部消毒是否规范）。
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未合规应对卫生局检查可能引发多方面法律风险，以下为具体风险点及实例：
1. 行政处罚风险：某餐饮店因后厨地面油污严重、3名员工健康证过期，被卫生局依据《食品安全法》第一百二十六条处以5000元罚款；若逾期未缴纳罚款，还会产生每日3%的加处罚款，导致经济损失扩大。
2. 经营资格丧失风险：某小吃店连续3次卫生检查均未达标，且未落实整改要求，卫生局依据《公共场所卫生管理条例》，吊销其《卫生许可证》，直接导致该店无法继续经营。
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卫生局检查的结果认定受特殊情况影响较大，以下为需关注的例外情形：
1. 突发公共卫生事件期间的标准调整：如疫情防控期间，卫生局对餐饮店的检查会额外增加“员工核酸检测频次”“场所每日消毒记录”“顾客体温登记”等要求，且违规处罚力度会比平时提高20%-50%，直接影响检查结果的合格判定。
2. 检查过程存在程序瑕疵：若卫生局执法人员未出示《行政执法证》即开展检查，或检查时未由2名及以上执法人员共同进行，该检查过程可能因“程序违法”导致结果无效，经营主体可依法申请撤销相关处罚决定。
3. 主动整改后的从轻情形：若餐饮店在检查中被发现食品储存温度不达标，但在卫生局下达整改通知前已主动更换故障冷藏设备并留存维修记录，可能被认定为“主动消除违法行为危害后果”，从而减轻或免除罚款处罚。

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